磷肥在作物种植前的基肥施用效果较好，使用时间取决于播种时间，春季或秋季最多。磷肥很容易被土壤固定，在土壤中移动性很小，肥料效率转换慢，庄稼难以吸收，并作为基础肥料能提高作物的吸收，提高肥料的利用率，一般可以先磷肥料和猪粪、鸡粪等有机肥混合堆肥，然后放入土壤，效果更好。
通常土壤中磷肥的吸收有很大的缓冲，在应用程序可以基于土壤有效磷含量，以确定应用数量，通常30至35公斤/亩是合适的，即使在土壤中磷的缺乏，一亩地应用程序数量不能超过40公斤。
磷肥有生根效应。磷是促进植物细胞和再生组织生长发育的重要物质，能促进细胞再生，从而促进伤口愈合和植物生根。磷肥生根最常用作花卉生长，一般可将磷肥与水按照7:3的比例混合，然后将枝条底部放入溶液中浸泡约3小时。
